L’historique du virus au Québec sera bientôt connu

Le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) a amorcé cette semaine le séquençage génomique d’un premier lot parmi les milliers d’échantillons récoltés auprès de patients positifs. Une analyse qui permettra d’en savoir beaucoup plus long sur les souches en circulation au Québec et, surtout, sur celles qui ont été introduites en premier sur le territoire.

Ce travail de titan, échelonné sur plusieurs mois, permettra d’analyser les variantes génomiques de la totalité des échantillons naso-pharyngés récoltés à l’aide d’écouvillons auprès des patients positifs (plus de 49 000 à ce jour), depuis le début de l’épidémie au Québec. Cette méga-analyse permettra non seulement de déceler les mutations survenues, mais aussi de suivre à la trace les mutations du virus au cours des prochains mois.

« Le virus mute environ tous les dix jours. Nous pourrons donc suivre la trace de chacune des générations depuis les premiers cas, savoir quels patients ont contracté les mêmes souches et d’où sont venues les premières importées sur le sol québécois », a expliqué au Devoir jeudi la D^re Sandrine Moreira, coordonnatrice du programme de surveillance génomique au LBSP.

Cette semaine, le séquençage des échantillons des patients n^o 97 à n^o 192 a été achevé pour tester la technologie de séquençage utilisée. On s’attaquera la semaine prochaine aux fameux échantillons des patients n^o 1 à n^o 96, soit les tout premiers cas d’infection à la COVID-19 déclarés au Québec. Ces échantillons recèlent notamment les traces du virus récoltées sur une Québécoise de retour d’Iran le 24 février, la première personne déclarée positive à la COVID-19 au Québec, ainsi que celui des tout premiers cas déclarés au début du mois de mars.

« Ces échantillons sont les plus précieux, car ils nous révéleront d’où est venu le virus et quelles souches étaient en cause, en recoupant les informations que nous avons sur les dates et la position géographique des personnes infectées », explique la D^re Moreira.

La chercheuse s’attend à ce que les premières générations du virus SRAS-CoV-2 arrivées au Québec soient les mêmes que celles qui ont été dépistées en Europe et aux États-Unis, transportées par les voyageurs de retour de ces pays, soit peu avant ou après la semaine de relâche.

« On présume de cela, en raison des informations récoltées auprès des voyageurs, mais ce ne sont que des hypothèses. Les premiers cas sont venus de Chine, mais on n’en sait très peu jusqu’ici sur les cas intermédiaires », souligne la D^re Moreira.

En plus de révéler le parcours suivi par les « ancêtres » du virus pour arriver au Québec, ce projet de séquençage pourrait permettre de savoir si certaines souches sont plus présentes, plus néfastes que d’autres, ou plus contagieuses. « Avec une mutation tous les dix jours, affirme la chercheuse, le profil et les souches vont se multiplier et nous donner de plus en plus d’informations. »

Ces informations génomiques pourraient notamment être croisées avec les données cliniques récoltées dans les dossiers médicaux pour voir si des éclosions survenues dans un CHSLD, associées à des cas plus sévères, sont dues aux mêmes souches.

« À date, les études semblent dire qu’il n’y a pas de souches plus létales ou plus virulentes. Cela nous aidera à le vérifier », pense la coordonnatrice de ce programme, dont les travaux sont liés à un vaste projet de séquençage national, lancé et financé à hauteur de 40 millions de dollars par Génome Canada.

Les renseignements amassés grâce à ce vaste projet pourraient notamment être utiles pour déterminer, par exemple, si les personnes asymptomatiques ont été exposées à des souches différentes du virus.

Les résultats de ces travaux seront d’ailleurs partagés avec les chercheurs en génomique du reste du Canada et d’autres pays.

Selon la D^re Moreira, ce sont les Britanniques qui sont à ce jour les plus avancés dans le séquençage du génome du virus, avec plus de 50 000 souches différentes identifiées seulement au Royaume-Uni. Le partage des secrets génomiques du virus sera hautement pertinent pour développer et cibler le vaccin qui soit le plus efficace possible, ajoute-t-elle.

L’arbre généalogique du virus

En plus d’être très utile pour surveiller les mutations futures du virus, cette surveillance génomique a déjà permis dans divers endroits du monde de dresser l’arbre généalogique du fameux SRAS-CoV-2.

Aux États-Unis, ce type séquençage a permis de savoir qu’une souche du coronavirus importée de Wuhan le 15 janvier par un voyageur vers Seattle, qu’on croyait circonscrite, a été à l’origine d’une propagation restée silencieuse jusqu’aux premiers cas déclarés en février dans tout l’État de Washington, puis plus tard dans 14 autres États aussi éloignés que le Maryland et le Connecticut.

Des « descendants » de cette même souche ont ensuite été repérés au Canada, au Mexique, en Australie, ainsi qu’en plein milieu de l’océan Pacifique, à bord du navire de croisière Grand Princess.

Ces études génomiques pourront notamment être croisées aux études cliniques menées notamment en France, où l’on a retracé la présence du virus dès le 27 décembre chez un patient admis en réanimation en région parisienne, soit un mois avant les premiers cas recensés officiellement le 24 janvier. Pourrait-il en être de même au Québec ?

« Les expériences de datation réalisées à partir des arbres d’évolution du virus permettent de projeter la date du début de l’épidémie en Chine au mois de novembre au plus tôt, explique Sandrine Moreira. Il est peu probable, mais pas impossible qu’il y ait eu des cas précoces ici, mais pas des mois avant les premiers déclarés. »

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